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Ledock分子对接软件2019绿色版

更新时间:2019-2-13 16:32:00 平台:Winall 体积:19.3 MB

最近有很多人问小编有没有分子对接软件,那么维维小编就给大家分享下载LEDock分子对接工具绿色版给大家使用哦,它是针对小分子对接成蛋白质而设计的一款专门的软件,其主要目的就是在原子水平上精确的理解蛋白质,分子对接在基于结果的药物中有着十分巨大的作用哦,LeDock设计用于快速准确地将小分子对接到蛋白质中,它在Astex多样性集上实现超过90%的预测后准确度,并且对于药物样分子,每次运行大约需要3秒,这导致高的新激酶抑制剂和溴结构域在通量虚拟筛选活动中发现了拮抗剂。它直接使用SYBYL Mol2格式作为小分子输入,Windows操作系统上的图形版本大大简化了药物化学家常用的许多复杂对接程序,那么来下载Ledock绿色版进行使用吧。

Ledock分子对接软件下载

软件特色

LeDock在最近对多种2002蛋白质 - 配体复合物的对接程序的综合评估中表现出色。

分子对接在基于结构的药物发现中起着十分重要的作用,目的是在原子水平上精确地理解蛋白质 - 配体相互作用。

姿势预测的高精度,用户友好的虚拟筛选和详细阐述,并且非常快。

使用说明

软件有2个选项卡,其中LePro用于分子蛋白处理,可以去除蛋白中的离子、金属、水分子等,会生成分子对接要用到的IN文件。在确定了对接参数以后,可以使用LeDock项目来进行分子对接。

1、蛋白准备

在LePro标签的Protein输入中选择3cl0.pdb的路径(注意路径不能包含中文),然后软件将自动生成pro.pdb(已处理蛋白质的pdb文件)和dock.in(在路径)。对于分子对接下一步的参数文件,单击Add Hydrogen,将立即生成上述两个文件。 dock.in文件包括均方根偏差(RMSD),绑定口袋和绑定姿势数。 RMSD表示当构象簇停靠时RMSD的截止值;结合口袋表示结合位点的三维坐标,即Xmin Xmax,yminymax和Zmin Zmax;绑定姿势数表示生成的构造数,这些构造是通过聚类生成的。星座数量将少于先前生成的数量。

2、分子对接

在LeDock标签的蛋白质输入和对接输入中,指定在上一步骤中生成的pro.pdb和dock.in文件的路径,并在配体输入中指定要对接的配体的路径lig.mol2 (路径需要是前两个文件的路径是相同的,并且对接分子需要是mol2格式)。最后,单击Start docking将生成一个Iig.dok文件(由对接产生的化合物构象的文件),可用于观察化合物的构象。

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