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生物形态分析软件助手ntsyspc 2.21官方版

日期:2018-5-16 20:31:00 平台:Win2k/XP/2003/Vista/Win7 体积:1.70 MB

ntsyspc是一款免费分子生物形态分析软件,该分子生物形态分析工具能够用于研究数据点样本,这些样本可能来自两个或多个不同的群体,或使用邻接法或UPGMA方法构建聚类图来评估进化树。同样能够用于发现某些子集中的变异是相互关联的。推荐给有需要的朋友使用。

功能介绍:

1、相似性和差异性:关联性,距离,34个相关系数和11个遗传距离系数。

2.聚类:几种形式的SAHN方法(可以是多种关系),邻接方法以及UPGMA和其他分层结构的共同树。

3,图论方法:生成树的最短长度并用相邻方法绘制图片(可以是无根系统树)。

4.排序:主成分或主坐标分析,对应分析,度量和非度量的多尺度分析,奇异值分析和Burnaby方法,典型分布的随机分析,解决方案的多因素分析,常用主成分分析,偏最小二乘,多重相关和典型相关。

5.图像交互:特征图,物种树,二维散点图,相似性和差异矩阵的比较,傅立叶轮廓图,Procrustes图和三维视点图。

6.多元测试:典型变量分析,协方差矩阵测试,维度测试,广义多元回归分析。还有教程和模拟实验。

7.几何测量:包括用于Procrustes分析的特殊组件,用于叠加关键结构,绘制Procrutes分析结果,绘制轮廓图和轮廓图(包括2D和3D椭圆图)的傅里叶系数以及部分2D和3D弯曲系数,并估计制服部分。

8.其他:矩阵比较采用相同的表示法,Mantel测试,3-way Mantel测试,数据标准化和矩阵转换。矩阵可以拆分或合并。

使用方法:

一、数据的处理

1、读板

2、把每一个引物的读板数据用Excel表格排成一列:

eg:10个材料用satt140读出5个多态性位点应列表—

3、再把上表列成NTSYS能识别的格式—

eg:10个材料用satt140读出5个多态性位点应列表—

(有带读1、无带读0、缺失读999)

注:一般情况下不只是satt140一个引物,而是多个引物,则应该把各个引物的如上数据合

成在一个工作簿中,并只保存一个工作表sheet1,输入完毕后,将文件以Microsoft excel 5.0/95工作薄的格式存盘,如下图——(这样就可以用NTSYS-pc分析)

二、NTSYSpc用法

1、生成矩阵:在excel按如下规则输入数据,A1=1表示有带记为1,B1=10表示扩增的总条带数, C1=5表示样本数,D1=0表示无带记为0。第二行表示的是样本名称。从第三行开始的A列表示引物名称。见下图:

输入完毕后,将文件以Microsoft excel 5.0/95工作薄的格式存盘。并且只能保存sheet1一个工作簿。(注:这里的B1和C1颠倒,应该在qualitative data一步中选by rows)

2、生成系统树:

打开NTSYS-PC程序,点击similarity出现如下界面

ntsyspc(分子生物学分析软件) v2.10e

点击input file,打开生成的excel文件,点击out file起一个文件名(假设叫A),然后点击compute按钮。继续点击clustering,出现下面的界面,

再点SHAN,出现如下界面:

点击input file,打开文件A,点击out file起一个文件名(假设叫B),然后点击compute按钮。然后点Graphics

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